Antybiotykoterapię stosuje się w pierwszej fazie krztuśca (kokluszu). W przypadku dużego osłabienie, które może się zdarzyć u małych dzieci, podaje się dożylnie immunoglobuliny (gotowe ciała odpornościowe).
Gdy maluch choruje już długo, leczenie jest inne. Po trzecim tygodniu choroby lekarze nie zalecają antybiotyków, tylko podają leki łagodzące kaszel i wzmacniające. Zwykle wykorzystuje się preparaty rozrzedzające gęstą wydzielinę z oskrzeli i regenerujące zniszczony nabłonek. Ważną rolę odgrywa ruch na świeżym powietrzu - napady kaszlu występują rzadziej i są słabsze.

Groźne powikłania kokluszu:

• zapalenie płuc, zapalenie ucha środkowego, zapalenie miedniczek nerkowych (zwykle u dziewczynek);

• drgawki - są niebezpiecznym powikłaniem, wynikają z niedotlenienia kory mózgowej, a skutkiem tego może być obrzęk mózgu;

• u niemowląt duże ryzyko powikłań związanych z układem nerwowym jest wywołane działaniem toksyny krztuścowej na tkankę mózgową;

• powikłania płucne mogą u niemowląt dołączyć do powikłań związanych z ośrodkowym układem nerwowym.